У рамках Етноісторичної наукової школи професора М.В.Кугутяка постійно діє Карпатська археологічна експедиція, яка розпочала свою діяльність у 2006 р. з метою виявлення, картографування та обстеження стародавніх та середньовічних культових пам’яток Прикарпаття, оборонних і виробничих комплексів краю, транскарпатських шляхів, дослідження історичної топонімії, традиційної культури етнографічних груп, історії національно-визвольного руху. Упродовж 2006 – 2018 рр. виявила та дослідила в Покутсько-Буковинських Карпатах, на Чорногорі, в Ґорґанах більше 40 скельних святилищ і ритуальних каменів з петрогліфічними комплексами. Також представниками наукової школи ведеться комплексне вивчення середньовічних та новочасних монастирів Прикарпаття.
Своєрідна інвентаризація етноісторичної і культурної спадщини Карпатського регіону дала змогу виявити більше 300 досі не відомих пам’яток різних історичних періодів. Так, лише на території Галицької Гуцульщини локалізовано більше 150 унікальних об’єктів, на Бойківщині знайдено понад 80 історичних обєктів. Серед них – десятки середньовічних городищ, монастирів, замків і оборонних дворів, соляних виробничих комплексів, сконцентрованих біля стародавніх шляхів і перевалів. З небуття повернено більше трьох десятків скельних святилищ з унікальними скульптурними, рельєфними і графічними зображеннями. Разом з відомими петрогліфічними комплексами Балкан, Кавказу, Карелії, Анд, Тибету відкрито велику групу «скельних храмів» Українських Карпат, Колибач, Бубнище тощо.
Відкриття багатьох археологічних, історико-культурних та етнографічних пам’яток спричинились до розвитку туристичної сфери краю, підвищили інвестиційну привабливість Карпатського регіону. Запровадження вказаних пам’яток у науковий і туристичний обіг дозволяє розробляти нові туристичні маршрути, видавати наукові монографії, буклети і путівники, відкривати нові музеї й заповідники та сприяє зростанню уваги до регіону та комплексному збереженню його природно-історичного середовища.
Під керівництвом Кугутяка М.В. виконуються науково-дослідні роботи:
– Історико-культурні та етносоціальні процеси на Прикарпатті (державний реєстраційний номер 0109V000838).
– Етнокультурні процеси в Карпатському регіоні (Івано-Франківська область) (державний реєстраційний номер 0109V000839).
За зазначеними темами видано ряд монографій, які знайомлять з результатами досліджень стародавніх і середньовічних сакральних пам’яток. Серед них варто виділити «Прикарпаття: спадщина віків» (2006), «Терношорське скельне святилище в Карпатах» (2007), «Кам’яні старожитності Космача» (2007), «Скельні святилища сокільських вершин» (2008), «Старожитності Гуцульщини. Джерела з етнічної історії населення Українських Карпат. Каталог пам’яток історії та культури у 2-х томах. Т. І. Сакральна спадщина Гуцульщини» (2011), «Старожитності Гуцульщини. Джерела з етнічної історії населення Українських Карпат. Каталог пам’яток історії та культури. Т.ІІ. Городища, замки, осередки солевидобутку, давні транскарпатські шляхи» (2011), «Стародавні храми на священних вершинах Косівщини» (2012), «Великий Скит у Карпатах: у 3 т. Т. 1: Патерик Скитський. Синодик» (2013).
Професор Кугутяк М.В. виступив організатором цілої низки міжнародних і всеукраїнських наукових конференцій: «Духовна вісь України: Галичина – Наддніпрянщина – Донеччина» (2004), «Скит Манявський у духовному і культурному житті України та зарубіжжя : до 400-річчя заснування» (2011), «Космач в історії Гуцульщини та України: до 600-річчя першої писемної згадки» (2012), «Християнство в Карпатах: до 1025-річчя хрещення України-Руси» (2013 р.) та інших.
У рамках наукової школи під керівництвом Кугутяка М.В. захищено 23 кандидатська і дві докторських дисертації. Він є головою спеціалізованої ради із захисту кандидатських дисертацій за спеціальностями «Історія України», «Етнологія».
У рамках наукової школи функціонують науковий історико-краєзнавчий журнал «Галичина», «Вісник Прикарпатського національного університету. Серія “Історія”», фаховий науковий журнал «Карпати: людина, етнос, цивілізація», «Студентські історичні зошити», де є засновником і редактором М.В. Кугутяк.
Напрацювання наукової школи мають важливе значення для наукового та навчально-методичного забезпечення розвитку історичної і туристичної освіти в Україні та її інтеграції в міжнародні процеси.